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微生物發酵技術以現代發酵技術為核心，利用微生物的代謝活動過程，經生物轉化而大規模地制造各種工業發酵產品，已經形成了一個品種繁多、門類齊全的獨立工業體系，在國民經濟中占有重要地位。

工業發酵就是通過微生物的生命活動，把發酵原料轉化為人類所需要的微生物產品的過程。

工業發酵要依靠微生物的生命活動，生命活動依靠生物氧化提供的代謝能（metabolic energy）來支撐，因此工業發酵應該覆蓋微生物生理學中生物氧化的所有方式：有氧呼吸、無氧呼吸和發酵。

近百年來，隨著科學技術的進步，工業發酵發生了劃時代的變革，已經從利用自然界中原有的微生物進行發酵生產的階段進入到按照人的意愿改造成具有特殊性能的微生物以生產人類所需要的發酵產品的新階段。