生物发酵罐在使用中，有的微生物对灭菌的要求较高，如食品企业等，需要用高压蒸汽灭菌，如抗生素生产；有些则较低，热水消毒即可，如酒精发酵。

生物发酵罐的结构比较复杂，对于内部的边边角角不容易消毒，一般的发酵罐有自动清洗装置，清洗完之后*

在培养基灭菌之前，通常应先将与罐相连的分空气过滤器用蒸汽灭菌并用空气吹干。实罐灭菌时，先将输料管路内的污水放掉冲净，然后将配制好的培养基泵送至发酵罐（种子罐或料罐）内，同时开动搅拌器进行灭菌。

无论与罐连通的管路如何配制，在实行消毒时均应遵循“不进则出”的原则。